استمر تطور التعليم العالي في الأردن إلى أن تأسست أول جامعة أردنية في العاصمة عمان عام 1962 وسميت الجامعة الأردنية وتبعتها بعد فترة زمنية استمرت 15 سنة تأسيس جامعة اليرموك في مدينة اربد في الشمال عام 1976 ومن ثم تأسيس جامعة مؤتة قرب مدينة الكرك في الجنوب عام 1981 وفي عام 1986 تم فصل بعض الكليات العلمية عن جامعة اليرموك لتصبح هذه الكليات جامعة قائمة بذاتها سميت جامعة العلوم والتكنولوجيا الأردنية. ثم جامعة آل البيت عام 1994 ثم الجامعة الهاشمية عام 1995 ثم جامعة البلقاء التطبيقية عام 1997 التي تولت مسؤولية إعادة تنظيم كليات المجتمع وتعديل برامجها إضافة إلى كونها جامعة رسمية تمنح درجة البكالوريوس مثل شبيهاتها الجامعات الرسمية.

إضافة إلى ذلك فقد تم تأسيس كليات جامعية ذات الأربع سنوات، كلية عمان الجامعية للهندسة التكنولوجية عام 1988 وكلية الدعوة وأصول الدين عام 1990 ) . وفي عام 1999 تم تأسيس جامعة الحسين بن طلال في مدينة معان في الجنوب.

 وفي عام 1989 صدر قانون الجامعات الأهلية الذي سمح بموجبه تأسيس جامعات خاصة وتأسست أول جامعة خاصة عام 1990 وتلا ذلك إنشاء عدة جامعات خاصة حتى بلغ عدد مؤسسات التعليم العالي الخاصة اثنتي عشرة مؤسسة حتى وقتنا الحاضر .

بدأ الاهتمام بالتعليم العالي من حيث الإشراف حيث صدر قانون التعليم العالي عام 1980 وأنشئ بعد ذلك مجلس التعليم العالي عام 1982 وفي عام 1985 أنشئت وزارة التعليم العالي وصدر قانون التعليم العالي رقم (28) لسنة 1985 الذي حدد أهداف التعليم العالي كما حدد صلاحيات ومسؤوليات مجلس التعليم العالي ووزارة التعليم العالي وعلاقتها بمؤسسات التعليم العالي.

وبعد مرور 13 سنة صدر قانون التعليم العالي رقم (6) لسنة 1998 والذي تم بموجبه إلغاء وزارة التعليم العالي واستبدالها بمجلس التعليم العالي وتم إلحاق كليات المجتمع بجامعة البلقاء التطبيقية .

وفي 19 حزيران من عام 2000 تضمن كتاب التكليف الملكي السامي لجلالة الملك عبد الله الثاني المعظم بتشكيل الحكومة إعادة إنشاء وزارة التعليم العالي والبحث العلمي لتتولى الإشراف والمراقبة عن كثب على مؤسسات التعليم العالي الرسمية والخاصة والعمل على النهوض بمستواها حتى تكون نموذجاً للمستوى التعليمي الرفيع وحتى تكون خططنا وبرامجنا التعليمية مرتبطة بحاجات المجتمع وتطلعاته إلى التطور والتغيير.

تم  إنشاء صندوق دعم البحث العلمي في المملكة بموجب المادة (13) من قانون التعليم العالي والبحث العلمي رقم 4 لسنة 2005, والمادة 9 من القانون رقم 23 لسنة 2009 وتعديلاتة